안녕하세요, 관세법인 더컨설팅그룹입니다.

 

​2026년 1월 1일부터  「수정수입세금계산서 발급 운영지침」이 시행되었습니다. 

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1. 수입세금계산서와 수정수입세금계산서란?

 

 

▶ 수입세금계산서

 

 수입 시 세관에 부가가치세를 납부했다는 증빙 서류입니다. 이 서류가 있어야 내가 낸 세금을 나중에 낼 세금에서 차감하는 '매입세액 공제'를 받을 수 있습니다.'

 

‘매입세액 공제'라는 "이미 낸 부가세를 나중에 낼 부가세에서 미리 빼주는 것"이라고 이해하면 쉽습니다.

 

사업자가 물품을 판매할 때는 고객에게 부가세(10%)를 받은 후에 이 부가세를 납부하게 됩니다.

 

그런데 물품을 만들기 위해 재료를 구매하거나 수입할 때, 사업자 본인도 이미 부가세를 납부하게 됩니다. 

 

이때 이미 납부한 부가세를 '매입세액'이라고 부르며, 이를 나중에 낼 부가세에서 차감하는 것이 '매입세액 공제'입니다.

 

 납부할 부가세 = 매출세액(판매금액의 10%) - 매입세액(매입금액의 10%)

 

수입시에 세관에 부가가치세를 먼저 납부하게 되며, 이때 발행해 주는 수입세금계산서가 부가세 납부의 증빙 서류가 됩니다.

 

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 ▶수정수입세금계산서

 

​ 수입신고가 완료된 후에도 가격·세율·품목번호(HS CODE)·가산요소 등의 변경으로 세액이 바뀌는 경우가 생깁니다. 

 

​수정수입세금계산서는 수입신고 이후 세액이 바뀌어 부가세를 추가로 냈을 때, 바뀐 내용에 맞춰 다시 발행해 주는 서류입니다. 

 

 만약 세관에서 이 서류를 발급해주지 않으면 추가로 납부한 부가세를 돌려받지 못하게 됩니다.

 

 

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2. 수정수입세금계산서 발급 운영지침 시행 목적

 

 수정수입세금계산서는 특정한 경우에 해당하는 경우 발급을 제한하기도 합니다.

 

 이번 지침의 시행 목적은 “어떤 경우에 수정수입세금계산서를 발급해주지 않는 경우를 구체적으로 정해서, 납세자가 그 결과를 예측할 수 있게 하자.”는 것입니다.

 

 그동안은 어떤 경우에 수정 세금계산서를 발급해 줄지에 대해 해석의 차이가 있어 납세자들이 혼란을 겪거나 행정력이 소모되기도 했습니다. 

 

​ 이번 지침은 그 기준을 명확히 정해 납세자의 예측 가능성을 높이고 법적 안정성을 확보하는 데 그 목적이 있습니다.

 

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3. 주요 내용: 수정수입세금계산서 미발급 기준

 

 수입신고 내용이 바뀌어 세액이 변경되면 처음 발급받은 수입세금계산서도 변경된 내용에 따라 다시 발급받지만, 아래와 같은 경우에는 발급해주지 않는다는 기준을 뒀습니다. 미발급 기준은 크게 세 가지로 구분됩니다.

 

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